Во время чрезвычайного положения, объявленного королем Гьянендрой Бир Бикрам Шах Девом в феврале 2005 г., повсеместно нарушались основные права человека. Несмотря на восстановление правительства в апреле 2006 г. и подписание мирного договора, нарушения прав человека продолжаются в атмосфере безнаказанности, а виновные в прошлых преступных нападениях не привлечены к ответу.

В своем докладе о положении правозащитников Специальный представитель ГС ООН пишет: «Правозащитники в Непале работают по целому ряду направлений; многие занимаются мониторингом и расследованиями нарушений прав человека, совершенных обеими сторонами конфликта. Эта деятельность включает в себя мониторинг условий содержания в тюрьмах, расследование убийств и «исчезновений», расследование сообщений об изнасилованиях, случаев запугивания и пыток». Правозащитники ведут общую деятельность по правам человека, занимаются специфическими вопросами, такими как права ЛГБТ и права женщин, а также организуют кампании против цензуры и кастовой дискриминации. Специальный представитель ГС ООН выражает сожаление по поводу того, что некоторые правозащитники вынуждены были уйти в подполье, а другим пришлось покинуть Непал, чтобы продолжать свою правозащитную деятельность в относительной безопасности. В мае 2006 г. правительством Непала был аннулирован указ, устанавливающий «кодекс поведения» для НПО, после решения Верховного суда о приостановлении действия указа, который подвергся критике со стороны национальных и международных правозащитных организаций.