Правозащитники в Кыргызстане подвергаются преследованиям, судебному преследованию, допросам, произвольным задержаниям, жестокому обращению и пыткам, свобода слова, собраний и объединений ограничены. Родственники правозащитников в Кыргызстане также становятся объектом травли и преследований. Главными виновниками насильственных действий в отношении правозащитников считают представителей государственной власти и членов организованных преступных групп.

Согласно сведениям, полученным Специальным представителем Генерального секретаря ООН по защите правозащитников из неправительственных источников, «с избранием нового правительства в июле 2005 г. возросла роль правозащитников и расширились их возможности по осуществлению своей деятельности. Новое правительство Премьер-министра Курманбека Бакиева выразило готовность укреплять отношения и расширять взаимодействие с гражданским обществом» (E/CN.4/2006/95/Add.5, стр. 160). В прошлом вызывал озабоченность тот факт, что бывшее правительство пыталось подорвать авторитет и легитимность независимых правозащитных НПО, создавая проправительственные организации и дискредитируя самостоятельно работающих активистов. При новом правительстве были опасения по поводу возможности принятия законодательства, ограничивающего зарубежное финансирование киргизских НПО, но эти предложения были отклонены. В стране начата реформа сил МВД в попытке снизить распространенность жестокого обращения и пыток заключенных и повысить уровень знаний работников милиции о правах человека. Правозащитники, пытающиеся привлечь внимание к проблеме применения пыток властями, сталкиваются с репрессиями в виде судебного преследования. Положение узбекских беженцев и лиц, ищущих убежища, в том числе правозащитников, покинувших Узбекистан после Андижанской бойни в мае 2005 г., вызывает серьезную озабоченность, поскольку существует опасность их насильственного возвращения в Узбекистан. Специальный представитель ГС ООН официально посетила Кыргызстан в период с 30 июля по 4 августа 2001 г.