Правозащитники в Израиле подвергаются угрозам, физическим нападениям, очернению, ограничениям свободы передвижения, длительным срокам содержания под стражей, обычно в виде административного ареста, и жестокому обращению. В Израиле крайне трудно зарегистрировать неправительственную организацию, защищающую права палестинцев.

Ситуация правозащитников в Израиле осложняется еще и тем, что многие проблемы, с которыми они сталкиваются, обусловлены продолжающимся конфликтом между Израилем и Палестиной. Специальный представитель ГС ООН по положению правозащитников отмечает, что все ее обращения к Правительству Израиля касались палестинских или международных правозащитников. В Израиле действует несколько неправительственных организаций, осуществляющих мониторинг положения палестинцев на оккупированных палестинских территориях, а также организации, призывающие к религиозному плюрализму и сотрудничеству между израильтянами и палестинцами. Многие из этих организаций фиксируют нарушения прав человека в отношении палестинцев, которых подвергают преследованиям, жестокому обращению, пыткам и незаконным задержаниям. Специальный представитель ГС ООН пишет, что правозащитники в Израиле также «занимаются правами ребенка, жилищными правами и борьбой против разрушения домов, трудовыми правами, правами рабочих-мигрантов, правом на образование, правом на здоровье и правами инвалидов, правами ЛГБТ (лесбиянок, гомосексуалистов, би- и транссексуалов), земельными правами и защитой экологии». Специальный представитель ГС ООН также отмечает, что в Израиле некоторые правозащитники действуют самостоятельно, не будучи связаны с какой-либо организацией; к ним относятся "адвокаты, журналисты, пацифисты и лица, сознательно отказывающиеся от армии, чтобы не участвовать в израильской оккупации». Защитники прав ЛГБТ в Израиле становятся объектом угроз и насильственных нападений со стороны религиозных экстремистов, а их право на демонстрации ограничено – власти вынудили организаторов отменить предыдущие марши движения «Гей Прайд» из соображений безопасности участников. Еще одна проблема, находящаяся в центре внимания израильских правозащитников – это права женщин и гендерная дискриминация. Хина Джилани, Специальный представитель ГС ООН по положению правозащитников, официально посетила Израиль и оккупированные палестинские территории с 5 по 11 октября 2005 года.