В докладе Специального представителя ГС ООН говорится: «Гражданское общество Индонезии играет ключевую роль в повышении уровня правового сознания по всей стране, а также в разработке национального законодательства о правах человека. Организации гражданского общества ведут правозащитный мониторинг, разоблачают нарушения прав человека и успешно мобилизуют общественное мнение, требуя подотчетности правительства народу. К правозащитникам в Индонезии относятся студенты, журналисты, адвокаты, рабочие и интеллигенция, а также сотрудники гуманитарных организации и многие другие.

Правозащитники сталкиваются в своей деятельности с многочисленными трудностями и продолжают работать в условиях безнаказанности и коррупции. Проблема коррупции с особой очевидностью проявляется в правовой системе и в правоохранительных органах, где взятки стали обычным явлением. Виновники серьезных нарушений прав человека, совершенных при прежнем режиме, не были привлечены к ответу, а те, кто осуждает прошлые или сегодняшние нарушения, становятся объектом нападок и преследований. Анти-террористическое законодательство используется для подавления правозащитников: в попытке помешать им заниматься мирной и законной деятельностью их пытаются выставить бунтовщиками.

В ряде провинций Индонезии существуют политические движения за независимость и (или) самоопределение. В этих провинциях те, кто занимается мирной правозащитной деятельностью, подвержены особому риску, поскольку становятся мишенью как для властей, так и для повстанческих групп. В совместном докладе Фронтлайн и Imparsial – индонезийской организации по правозащитному мониторингу - под названием "Фронтлайн - Индонезия: убийства, угрозы смерти и другие формы запугивания правозащитников, 1998 – 2002 гг." особое внимание уделяется положению правозащитников в Джакарте, Асехе и Западном Папуа, поскольку в этих регионах за данный период возросло число преступлений в отношении правозащитников. На положение правозащитников повлияло и цунами. Специальным представителем ГС ООН были получены сведения о том, что «…после цунами были найдены мертвыми или пропали без вести более 40 активистов НПО, включая ведущих правозащитников. Среди жертв также были журналисты, религиозные и другие общественные лидеры. Несколько известных правозащитных организаций потеряли свои офисы и документы». Специальный представитель ГС ООН планирует официальную миссию в Индонезию в июне 2007 г.