Со времени окончания милитаристского режима в 1999 году, правозащитники (human rights defenders, HRD) получили возможность работать в более благоприятных условиях. Однако это верно только для основных организаций, работающих в основных городских регионах. Защитники, работающие в некоторых узких областях правозащиты или в определенных регионах продолжают сталкиваться с серьезными препятствиями.

Сильная милитаризация значительно влияет на работу правозащитников, в особенности в дельте реки Нигер. Существует множество примеров нападений, угроз и убийств правозащитников и протестующих. Во многих случаях нарушения прав человека принимают участие военные и полиция, в частности, они замешаны во внесудебных казнях и разгон демонстрантов при помощи насилия. Деятельность правозащитников по мониторингу и разоблачению преступлений, совершенных военными и полицией, делает их мишенью для возмездия и насилия. Правозащитники, которые вмешиваются в эти дела, подвергаются незаконным арестам, а в нескольких случаях у них конфисковали документы.

Защитники прав женщин (Women human rights defenders, WHRD) сталкиваются с серьезными препятствиями, особенно в определенных районах страны, включая северные штаты, где действуют законы шариата, а также на юго-востоке и юго-западе, где все еще сильны традиционные практики и обычаи. Работа защитников прав женщин в этих регионах преимущественно сосредоточена на полигамии, детских браках, праве наследования и женском обрезании. Религиозные и традиционные сообщества зачастую не доверяют организациям, которые работают с правами женщин. Основными нарушениями прав женщин в Нигерии, согласно полученным данным, являются оскорбления, словесные угрозы, нападения, а также сексуальное насилие.

Правозащитники, работающие в области защиты прав геев, лесбиянок, бисексуалов и трансвеститов (lesbian, gay, bisexual and transgender, LGBT) также сталкиваются с определенным риском на всей территории страны и часто опасаются за свою безопасность. Защитники прав ЛГБТ-сообщества находятся в опасности, и, согласно данным правозащитников, не существует законодательной базы или какого-либо способа защиты прав этих меньшинств. Враждебность общества во многом провоцируется государственными институтами. Негативное отношение отражено в законодательстве. Согласно закону о Содомии, гомосексуальность является преступлением, что используется против правозащитников. В 2006 году правительство внесло в парламент законопроект, запрещающий защиту по делам о дискриминации на основании сексуальной ориентации и гендерной идентичности и запрещающий свободу собраний для ЛГБТ-правозащитников.

Коррупция и государственное управление также являются весьма болезненными вопросами для страны. Были несколько случаев угроз и нападений на правозащитников и журналистов, освещавших эти темы. Государственные служащие, работающие над этими вопросами, также находятся в зоне риска.

Несмотря на усовершенствования в законодательной сфере, законодательная база остается недостаточной для того, чтобы обеспечить должную защиту деятельности правозащитников. Полиция Нигерии использовала Закон об обществе и Закон о Правопорядке для того, чтобы срывать публичные собрания и заставлять молчать правозащитников и политических активистов. Верховный суд Нигерии объявил Закон об Обществе и Закон о Правопорядке несоответствующими конституции, хотя парламент до сих пор не принял поправку и полиция продолжает использовать Закон о Правопорядке. В стране нет закона, гарантирующего информационную свободу. В 2004 году Палата Представителей предложила законопроект, гарантирующий доступ к информации, но впоследствии президент наложил на него вето по соображениям безопасности.