Существуют ограничения свободы СМИ: журналисты заметили ухудшение своей рабочей атмосферы, многие из них подверглись незаконным арестам, шантажу и преследованиям со стороны полиции и других чиновников. В особенности это касается предвыборного периода (всеобщие выборы в Уганде состоялись в феврале 2011 года): многие журналисты были арестованы, подверглись угрозам, нападениям и похищениям.

Правительство продолжило ограничивать свободу собраний и объединений. В апреле 2011 года сотрудники служб безопасности применяли огонь на поражение для разгона как мирных демонстраций, так и беспорядков, начавшихся в стране в знак протеста против непомерных трат правительства и роста цен на товары широкого потребления, в результате чего многие были ранены и убиты. Более того, арестованным в этот период завязывали глаза, увозили в неизвестном направлении и лишали свободы на долгое время. В 2011 году в законы об общественном порядке были внесены изменения, которые создадут серьезные препятствия работе правозащитников, поскольку эти поправки предоставляют генеральному инспектору полиции и министру внутренних дел широкие и неопределенные полномочия в сфере управления массовыми митингами.

Неправительственные организации и правозащитники сталкиваются с ограничениями в вопросах регистрации и функционирования НПО. В июне 2006 г. угандийский парламент принял поправки к Закону о неправительственных организациях, который используется как средство контроля и надзора за деятельностью НПО. Закон ужесточает административные требования, касающиеся регистрации НПО, и предусматривает уголовное наказание в отношении НПО и их участников за несоблюдение этих требований. Национальный совет НПО, который выдает регистрационные удостоверения и разрешения, состоит исключительно из представителей госструктур и наделен теперь еще более широкими правами по своему усмотрению вмешиваться в дела НПО. Одно из наиболее важных ограничений - запрет НПО напрямую контактировать с местными жителями в сельских районах, не уведомив об этом предварительно за 7 дней в письменной форме местные власти.

Правозащитники, отстаивающие права лесбиянок, геев, бисексуалов и трансгендерных лиц (ЛГБТ), подвергаются особому риску, гомофобия широко распространена. Несмотря на тот факт, что гомосексуальность уже была объявлена вне закона, в 2009 году в парламенте были предложены более жестокие наказания за нее, а работу организаций, защищающих права ЛГБТИ-сообщества, запретили. Обсуждение законопроекта прекратилось в 2011 году. Сообщают о росте количества нападений, угроз убийством и жестокого обращения в отношении активистов ЛГБТИ-движения. В январе 2011 года известный защитник прав ЛГБТИ-сообщества был убит.