La liberté de la presse est limitée ; des journalistes ont vu leur environnement de travail se détériorer et plusieurs d’entre eux ont été arbitrairement arrêtés, intimidés et harcelés par la police et des responsables du gouvernement. Plus particulièrement, pendant la période précédant les élections législatives de février 2011, plusieurs journalistes ont été arrêtés, menacés, agressés et enlevés.

Le gouvernement continue d’entraver la liberté de réunion et d’association. En avril 2011, les forces de sécurité ont utilisé la force meurtrière pour disperser une manifestation pacifique et les émeutes qui s’étaient répandues à travers le pays pour protester contre le gaspillage et les dépenses de gouvernement et contre l’augmentation du coût de la vie, blessant et tuant plusieurs personnes.

De plus, les personnes arrêtées pendant la manifestation ont rapporté avoir eu les yeux bandés, avoir été conduites dans des lieux inconnus et placées à l’isolement pendant de longues périodes. En 2011, des changements de la loi sur l’ordre public ont été présentés. Pour les défenseur-ses des droits humains, ces changements représentent de sérieux défis ; ils donnent à l’inspecteur général de la police et au Ministre de l’Intérieur, d’importants pouvoirs discrétionnaires sur la gestion des réunions publiques.

Les organisations non gouvernementales et les défenseur-ses des droits humains font face à des restrictions concernant l’enregistrement et le fonctionnement des ONG. En juin 2006, le parlement ougandais a promulgué la Non-Governmental Organisations (Amendment) Registration Act (loi d’amendement sur l’enregistrement des organisations non gouvernementales), afin de mieux contrôler et de mieux surveiller les ONG. Cette loi impose de nouvelles contraintes administratives pour l’enregistrement des ONG et prévoit des sanctions pénales à l’encontre des ONG et des membres qui y contreviendraient. Le NGO National Board (conseil national des ONG) qui délivre les permis et certificats d’enregistrement, est uniquement composé de représentants du gouvernement et dispose désormais de pouvoirs discrétionnaires accrus à l’égard des activités des ONG et des associations. L’une des dispositions les plus restrictives de cette loi, est l’interdiction des ONG d’entrer en contact direct avec les habitants des zones rurales, sans en avoir fait la demande écrite aux autorités sept jours auparavant.

Les défenseur-ses des droits humains qui militent pour les droits LGBTI sont particulièrement exposé-es puisque l’homophobie y est omniprésente. Bien que l’homosexualité soit déjà illégale, une loi présentée devant le parlement en 2009 introduit des peines plus sévères et interdit le travail des organisations LGBTI. Le débat sur cette loi s’est achevé en 2011. Il y a eu de plus en plus d’attaques, de menaces de mort et de mauvais traitements à l’encontre des militants LGBTI et, en janvier 2011, un éminent défenseur des droits LGBTI a été assassiné.