La violence constamment entretenue par les forces gouvernementales, la milice Janjaweed et les groupes d’opposition armée constitue la toile de fond de perpétuels harcèlements, d’arrestations arbitraires, de détentions sans contact avec l’extérieur et d’actes de torture envers des défenseur-ses des droits humains par les forces militaires et de sécurité soudanaises. La liberté d’expression, d’association et de réunion sont de plus en plus cadenassées. Les collaborateurs des ONG, les journalistes et les étudiants militants sont particulièrement pris pour cible.

Le Soudan a fortement restreint le champ d’action des associations des droits humains en promulguant l’Organisation of Humanitarian Voluntary Work Act du 20 février 2006. Cette loi impose des conditions d’enregistrement très strictes aux organisations non gouvernementales (ONG) et autorise dans les faits les pouvoirs publics à refuser ou à annuler arbitrairement l’enregistrement d’une ONG. De nombreux défenseurs des droits humains qui montaient des dossiers sur des crimes de violence sexuelle se sont retrouvés eux-mêmes sur le banc des accusés. La presse est fortement censurée, les journalistes harcelés, des restrictions bureaucratiques imposées aux médias soudanais et l’activité des journaux qui publiaient des articles critiquant les autorités suspendue. La liberté de réunion est très limitée et les participants aux séminaires, ateliers et conférences consacrés aux droits humains ont été soumis à du harcèlement, des interrogatoires et des détentions arbitraires.

La sphère d'influence des activistes politiques et des défenseur-ses des droits humains s'est considérablement réduite suite à la décision de la Cour Pénale Internationale, le 4 mars 2009, d'émettre un mandat d'arrêt contre le Président soudanais Omar Al Bashir. Les autorités ont révoqué les inscriptions des organisations et saisi les biens de trois ONG de défense des droits humains: le Khartoum Centre for Human Rights and Environmental Development (KCHRED), la Sudan Social Development Organisation (SUDO) et le Centre Amal pour la Réhabilitation des victimes de violences (Amal Centre). Des membres éminents de ces organisations sont harcelés et arrêtés et de fausses accusations sont portées contre eux. Ces organisations apportaient une aide juridique précieuse, surveillaient la situation des droits humains et fournissaient des services humanitaires au Darfour et à travers le Soudan.