Depuis la fin du régime militaire en 1999, les défenseurs des droits humains ont pu travailler dans un environnement plus favorable. Cependant, ceci est vrai pour les principales organisations qui oeuvrent dans les plus grande zones urbaines. Les défenseurs des droits humains qui travaillent sur certaines questions ou dans différentes régions du pays continuent à faire face à de sérieux défis.

Dans le Delta du Niger en particulier, l’importante militarisation affecte de façon significative le travail des défenseurs des droits humains et il y a de fréquentes attaques, intimidations et assassinats de défenseurs et manifestants. Les militaires et la police sont impliqués dans de nombreuses affaires de violations des droits humains contre la population, notamment des assassinats extrajudiciaires et des dispersions violentes de manifestants. Le travail des défenseurs dans la surveillance et la dénonciation des violations par les militaires et la police en font la cible de représailles et de violences. Des défenseurs ont été arbitrairement arrêtés et ont eu leurs papiers confisqués à plusieurs reprises.

Les femmes qui défendent les droits humains sont confrontées à de sérieux défis, dans certaines régions du pays en particulier, et notamment dans les Etats du nord qui appliquent la Charia et dans le sud-est et le sud-ouest, où les traditions et les coutumes sont plus fortes. Le travail des femmes dans ces régions se centre en premier lieu sur les questions de polygamie, le mariage des enfants, l’héritage et les mutilations génitales. Les groupes religieux et les communautés traditionnelles ne font pas souvent confiance aux organisations de défense des droits des femmes. Insultes, agressions physiques et harcèlement sexuel apparaissent comme les principaux abus contre les défenseuses des droits humains.

Les défenseurs qui oeuvrent contre les discriminations à l’encontre des lesbiennes, gays, bisexuelles et transgenre (LGBT) encourent des dangers particuliers à travers le pays et ont souvent peur pour leur sécurité. Les défenseurs des droits LGBT sont attaqués et il n’y a aucune législation ou protection accordée aux défenseurs des droits humains qui plaident en faveur de ces minorités. L’hostilité de la société au sens large est renforcée par l’attitude des institutions de l’Etat et se reflète dans la législation. L’homosexualité est crimininalisée au nom de la loi sur la sodomie, qui est utilisée contre les défenseurs des droits LGBT. En 2006, le gouvernement a présenté un projet de loi interdisant le plaidoyer sur les questions de discrimination basées sur l’orientation sexuelle et l’identité des genres, et limitant la liberté d’association des défenseurs des droits LGBT.

La corruption et la bonne gouvernance sont des questions sensibles; des défenseurs et des journalistes ayant dénoncé ces problèmes ont été pris pour cible et harcelés. Les fonctionnaires qui travaillent sur ces questions sont aussi exposés à des risques.

Malgré des améliorations de la loi, le cadre légal reste trop fragile pour assurer une protection adéquate au travail des défenseurs des droits humains. La police au Nigeria utilise le Décret sur le Droit Public et l’Ordre pour perturber les rassemblements publics et museler les défenseurs et les activistes politiques. La Cour Suprême du Nigeria a déclaré inconstitutionnel le Décret sur le Droit Public et l’Ordre, mais le Parlement n’a pas encore amendé le Décret et la police continue de s’en servir. Aucune loi ne garantit la liberté d’information. En 2004, un projet de loi qui devait garantir l’accès à l’information avait été adopté par la Chambre des Représentants, mais le président a opposé son veto pour des raisons de sécurité nationale.