De nombreux problèmes qui affectent le travail des droits humains en Israël sont liés au conflit israélo-palestinien. En Israël, il existe plusieurs organisations non gouvernementales qui surveillent la situation des Palestiniens dans les TPO et encouragent le pluralisme religieux et la coopération entre les Israéliens et les Palestiniens.

La situation s'est dégradée au cours des quatre dernières années et plus particulièrement en 2010 et 2011, suite à l'opération "Cast Lead" ("Opération Plomb durci") à Gaza en 2008/2009. Les problèmes particulièrement préoccupants incluent l'utilisation continue des détentions administratives des DDH qui dénoncent l'occupation, les colonies et la construction du mur; les restrictions de plus en plus importantes à la circulation des DDH palestiniens sous la forme d'interdictions de voyager et de restrictions de délivrance de visas pour les travailleurs humanitaires des ONG internationales; d'hostilité envers les ONG qui défendent les droits humains; d'adoption de lois limitant l'espace de la société civile; de restrictions de la liberté d'association, d'expression et de réunion.

Après la publication du rapport Goldstone en 2009, le gouvernement israélien a introduit plusieurs lois qui ciblent les ONG de défense des droits humains qui protègent les droits des Palestiniens en Israël et dans les TPO. En novembre 2011, la Knesset a approuvé la "loi sur le financement des ONG". Cette loi limite le financement des ONG israéliennes chargées de la défense des droits humains par des entités et des gouvernements étrangers. Parmi les mesures limitant les droits des ONG pour obtenir à des financements, une disposition de la loi prévoit un plafond de 4000€ sur les contributions financières internationales.

Un projet de loi distinct sur l'interdiction d'imposer un boycott, qui a été adopté par la Knesset en juillet 2011, restreint la liberté d'expression, car il punit les moyens non violents de manifestation contre l'occupation israélienne et le développement des colonies dans les TPO. En janvier 2011, une proposition a aussi été déposée devant la Knesset afin d'établir une commission parlementaire chargée d'enquêter sur les ONG qui militent pour que les soldats israéliens impliqués dans des violations des droits humains soient poursuivis.

D'autres lois adoptées par la Knesset, y compris le Devoir de révéler des bénéficiaires du soutien d'une entité politique légale étrangère, ont introduit d'autres restrictions de la liberté d'association et d'expression et discriminent les ONG non juives.