Le 28 juin 2009, le Président Manuel Zelaya a été évincé du pouvoir par la force lors d'un coup d'État qui a profondément divisé la société hondurienne. Six mois de vastes manifestations et de fréquents couvre-feux ont suivi. De nombreux droits et garanties civils et politiques ont été suspendus. Depuis l'intronisation du Président Porfirio Lobo en janvier 2010, les défenseur-ses des droits humains et journalistes subissent une nouvelle flambée de violence alors qu'ils-elles mènent à bien leur travail légitime.

Margaret Sekaggya, Rapporteure Spéciale des Nations Unies sur les défenseur-ses des droits humains, a effectué une visite au Honduras en février 2012. Dans ses conclusions, elle indique que "la Cour interaméricaine des droits humains a accordé des mesures de protection à un nombre important de défenseur-ses des droits humains et je suis troublée d'apprendre que les autorités ne leur fournissent pas de protection efficace et qu'à cause de cela ils-elles sont victimes d'assassinats, agressions et menaces".

La culture d'impunité générale, combinée à l'absence de protection de celles et ceux qui défendent les droits humains, renforce leur vulnérabilité et en fait la proie d'attaques perpétrées par des acteurs liés à l'État et indépendants.

Les coupables des violations contre de nombreux défenseur-ses des droits humains du droit environnemental, du droit à la terre ou des droits des communautés indigènes, sont souvent de grands propriétaires agraires influents ou des compagnies d'exploitations forestières. Dans la vallée de Bas Aguán, une région agricole riche assiégée depuis longtemps, des douzaines de membres du mouvement campesino (mouvement paysan) ont été tués, pendant que d'autres sont enlevés, intimidés, harcelés et détenus.

Dans tout le pays, les défenseur-ses des droits humains de plusieurs organisations travaillant pour la défense des droits humains des personnes LGBTI sont la cible de menaces, surveillance, enlèvements, intimidations et meurtres. Malgré ces menaces, les défenseur-ses de la communauté LGBTI continuent de travailler pour le progrès dans un environnement extrêmement dangereux. Les défenseur-ses LGBTI au Honduras sont doublement discriminé-es. Ils-elles sont d'abord discriminé-es car ils-elles sont des défenseur-ses des droits humains, mais aussi parce qu'ils-elles défendent les droits des LGBTI.

Les journalistes sont toujours exposés à d'importants risques lorsqu'ils dénoncent les violations des droits humains. Les menaces constantes, le harcèlement et les assassinats de journalistes ont conduit certain d'entre eux à pratiquer l'autocensure. De nombreuses stations radio communautaires ont été fermées peu après le coup d'État et certaines n'opèrent plus ou sont attaquées et perquisitionnées.

En dépit de cet environnement extrêmement dangereux, à ce jour aucun programme de protection n'a été mis en place pour les défenseur-ses des droits humains au Honduras.