En abril de 2004, las ONG nacionales e internacionales, entre las que se encuentran la Liga Rwandesa por la Promoción y Defensa de los Derechos Humanos (LIPRODHOR, Ligue rwandaise pour la promotion et la défense des droits de l'Homme), el Foro de Organizaciones Rurales (FOR, Forum des organisations rurales) y agencias internacionales de desarrollo como CARE y Trócaire, así com la prensa independiente, iglesias y escuelas, fueron blanco de los ataques de una comisión parlamentaria.

En el informe titulado “Front Line Rwanda: desapariciones, arrestos, amenazas intimidación y cooptación de los Defensores de Derechos Humanos 2001 – 2004” (“Front Line Rwanda: Disappearances, Arrests, Threats, Intimidation and Co-option of Human Rights Defenders 2001 – 2004”), el gobierno dice tener un “monitoreo comparado de derechos humanos, educación cívica, desarrollo basado en derechos, y de cualquier crítica a la política gubernamental a través de una política ideología genocida”. Las ONG son obligadas a solicitar un “certificado de registro” del Ministerio de la Administración Local, Buen Gobierno, Desarrollo Comunitario y Asuntos Sociales (Ministère de l’Administration Locale, Bonne Gouvernance, Développement Communautaire et Affaires Sociales – MINALOC) y sus actividades y publicaciones son puestas bajo un intenso escrutinio. Las organizaciones que trabajan en la defensa de los derechos étnicos de las comunidades también han sido acusadas de promover el “divisionismo”. En Rwanda existe una Plataforma de la Sociedad Civil, pero ésta está formada por un diverso número de ONG pro-gubernamentales y algunas otras que anteriormente eran independientes pero que ahora tienen un nuevo liderazgo cooptado, por lo tanto no se cree que sea un foro independiente que incluya a ONG de derechos humanos.