En abril de 2009, una corte peruana hizo historia al convertir al ex Presidente Fujimori en el primer Jefe de Estado en ser extraditado a su país, juzgado y condenado por crímenes de lesa humanidad. Fue sentenciado a 25 años de prisión por participar en el “Grupo Colina”, el escuadrón de la muerte paramilitar responsable de las ejecuciones y desapariciones de comienzos de la década de los años noventa. Fue sentenciado a otros siete años y medio por malversación de fondos del estado. Aunque este caso ejemplar constituyó una victoria para los derechos humanos, la mayoría de los actores responsables de violaciones cometidas durante el período de malestar civil siguen evadiendo la justicia y la cultura de la impunidad y el clima de amenazas contra los defensores/as de los derechos humanos sigue vigente.

Los/as defensores/as de los derechos humanos de Perú son víctimas de amenazas, intimidación, violencia física, investigación penal y difamación. Son raras las investigaciones a fondo e independientes iniciadas por las autoridades pertinentes. Los miembros del gobierno que simpatizaban con el ex Presidente Fujimori han intentado desacreditar a quienes trabajaban para terminar con la impunidad y a los integrantes de los ONG que inciden para que se haga responsable a quienes están acusados de tener lazos con grupos terroristas y de socavar la moral del ejército. El mismo ex Presidente de la Comisión por la Verdad y la Reconciliación ha sido víctima de amenazas de muerte. La impunidad de los delitos cometidos por las autoridades durante el período de conflictos internos sigue siendo un problema institucional; hacia fines del año 2008 se presentaron en el Congreso dos proyectos de ley de amnistía para miembros de la policía y del ejército implicados en violaciones.

Los periodistas y emisoras también son amenazados e intimidados, especialmente si son vistos como trabajando para desenmascarar casos de corrupción o abusos de funcionarios de los gobiernos locales. Los activistas que trabajan por los derechos sociales, económicos y culturales sufren amenazas, entre ellos quienes trabajan a favor del comercio justo y los derechos de las minorías. Los/as ambientalistas y los/as defensores/as del derecho a la tierra de las minorías son amenazados/as por actores estatales y no estatales, agentes que representarían los intereses económicos en la explotación de los recursos naturales de Perú.

Una ley de ONG que habría permitido el control estricto de estas organizaciones y de la libertad de asociación y expresión fue declarada inconstitucional en el 2007. Pese a esta decisión, un comité del Congreso ha avanzado para retomar esta ley, que constituye una verdadera amenaza a la labor de las organizaciones de derechos humanos.