Los/as defensores/as de derechos humanos en El Salvador enfrentan persecuciones, intimidación, amenazas, vigilancia y detenciones arbitrarias que con frecuencia están basadas en evidencias fabricadas. Las autoridades de El Salvador han incrementado el uso del sistema judicial como una herramienta para criminalizar las actividades de los/as defensores/as de derechos humanos.

La comunidad de derechos humanos está sometida regularmente a campañas de difamación -los/as defensores/as han sido tildados/as de “traidores de la nación”, “terroristas” y “subversivos”. Esta táctica empleada por las autoridades es diseñada para desacreditar y minar el trabajo en derechos humanos, aislando y marginalizando a los/as defensores/as y convirtiéndolos en un blanco vulnerable de ataques y abusos.

Los ambientalistas y líderes/as de las comunidades que se oponen a los proyectos de minería a gran escala hacen frente a amenazas de muerte y violencia, tal como lo evidencia el asesinato de dos defendores en el mes de diciembre de 2009 y el secuestro, tortura y homicidio de otro activista contra la minería en junio del mismo año. Tanto los periodistas como otros/as defensores/as de los derechos humanos que trabajan en estos temas también han sido víctimas de amenazas de muerte y actos de intimidación.

En particular son blanco de ataques los defensores/as que luchan por los derechos de las personas lesbianas, gays, bisexuales y transexuales (LGBT). Varias organizaciones de LGBT han sido saqueadas y destruidas y sus miembros atacados, intimidados y amenazados. En general, la policía ignora las denuncias que realizan defensores/as de los derechos de personas LGBT, según el informe de la organización LGBT "Entre amigos".