En Burundi se han presentado casos de detenciones arbitrarias, torturas, malos tratos y de estigmatización de los/as defensores/as de derechos humanos. También se han incrementado las restricciones contra la libertad de expresión y la libertad de asociación en relación con los/as defensores/as de derechos humanos. Los/las periodistas y sindicalista han sido un objetivo particular.

Entre los principales obstáculos enfrentados por los/as defensores/as en Burundi se encuentran la ley que regula las asociaciones, promulgada el 18 de abril de 1992, y la ley que regula las relaciones entre el Estado y las organizaciones no gubernamentales (ONG), emitida el 22 de agosto de 1990 y modificada el 12 de febrero de 1992, que obliga a todas las ONG de Burundi a presentar informes periódicos de sus actividades y a declarar los nombres de todos sus miembros. Las ONG internacionales son obligadas a consentir en forma previa inspecciones de las autoridades a sus sedes. También hay restricciones a las condiciones bajo las cuales puede ser creada una nueva ONG, con el propósito de limitar el número de ONGs que trabajan en el país. Los/as defensores/as de derechos humanos que informan sobre violaciones a los derechos humanos, corrupción e impunidad han sido víctimas de persecución judicial, en particular mediante procesos por difamación, y el gobierno ha intentado estigmatizarlos alegando que ellos/as están vinculados/as a políticos de oposición o están asociados con criminales. Muchos defensores/as han sido detenidos arbitrariamente y han estado sometidos a malos tratos y torturas. De acuerdo con las fuentes, las fuerzas de seguridad y policía, en particular el Service National de Renseignement (SNR, Servicio Nacional de Inteligencia) son responsables de muchas de las violaciones contra los/as defensores/as de derechos humanos.