يُشكل العنف المستمر المُرتكب من قبل قوات الحكومة، و ميليشيا الجنجاويد و جماعات المعارضة المسلحة خلفية المضايقة المستمرة، و الاعتقالات التعسفية، و التوقيف الانفرادي، و ما يُزعم من تعرض المدافعين عن حقوق الإنسان للتعذيب من قبل عناصر في الجيش السوداني و قوات الأمن. و قد جرى الانتقاص على نحو متـزايد من حرية التعبير، و الاجتماع و التجمع. و يُستهدف بنحوٍ خاص أعضاء المنظمات غير الحكومية، و الصحفيون و النشطاء الطلابيون.
جرى الحد من الحرية العملياتية لمنظمات حقوق الإنسان في السودان من خلال وضع قانون العمل التطوعي للمنظمات الإنسانية موضع التنفيذ في 20 شباط/ فبراير 2006. يفرض هذا التشريع متطلبات صارمة لتسجيل المنظمات غير الحكومية، و يمنح السلطات عند التطبيق السلطة التعسفية لمنع تسجيل منظمة غير حكومية أو إلغائه. و بموجب هذا القانون، فإن للسلطات مراجعة وثائق أية منظمة غير حكومية، و تعليق نشاطاتها، و حل لجانها التنفيذية، و عزل أعضائها، و طرد أعضاء المنظمات الدولية غير الحكومية من البلاد، و مصادرة موجودات المنظمات غير الحكومية عند إلغاء تسجيلها.
تعرَّض للاعتقال المدافعون عن حقوق الإنسان ممن يقومون بالإبلاغ عن انتهاكات حقوق الإنسان في دارفور، أو الذين ينتقدون منهم استخدام السلطات للتعذيب. و وُجهت اتهامات جنائية بالتحديد ضد الكثير من المدافعين عن حقوق الإنسان ممن يوثقون جرائم العنف الجنسي.
تخضع الصحافة إلى الرقابة الشديدة، و تتم مضايقة الصحفيين، و فرض القيود البروقراطية الاعتباطية على الإعلام السوداني، و تعليق إصدارات الصحف التي تنشر مقالات تنتقد السلطات. إن حرية التجمع مقيدة بشدة، و يتعرض المشاركون في الندوات أو ورشات العمل أو المؤتمرات المتعلقة بحقوق الإنسان إلى المضايقة، الاستجواب و التوقيف التعسفي.
لقد شهد الفضاء المتاح للنشطاء السياسيين و المدافعين عن حقوق الإنسان تقلُّصاً كبيراً بعد قرار المحكمة الجنائية الدولية، الصادر يوم الرابع من آذار/ مارس 2009، بإصدار مذكرة اعتقال بحقِّ الرئيس السوداني عمر البشير. و عمدت السلطات إلى إبطال ترخيص ثلاث منظمات معنية بحقوق الإنسان، و إلى مصادرة موجوداتها، و هذه المنظمات هي مركز الخرطوم لحقوق الإنسان و التنمية البيئية، و المنظمة السودانية للتنمية الاجتماعية، و مركز الأمل لإعادة تأهيل ضحايا العنف. و تعرَّض القائمون على هذه المنظمات إلى المضايقات و الاعتقال، و وُجِّهت إليهم اتهاماتٌ ملفَّقة. و كانت هذه المنظمات قد قدَّمت العون القانوني الضروري في عدد من الحالات، و قامت بمراقبة وضع حقوق الإنسان في دارفور و في مختلف أقاليم السودان، فضلاً عن تقديم الخدمات الإنسانية.