أثناء حالة الطواريء التي أُعلنت في شباط 2005 من قبل الملك غيانيندرا بير بكرام شاه دِف، كان هناك قمع واسع النطاق لحقوق الإنسان الأساسية. و على الرغم من إعادة الحكومة في نيسان 2006، و توقيع اتفاقية السلام، لا زالت انتهاكات حقوق الإنسان تحدث و تمر دون عقاب، و لم يتم تقديم هؤلاء المسؤولين عن الاعتداءات الماضية إلى العدالة.
في تقرير الممثلة الخاصة للأمين العام للأمم المتحدة حول وضع المدافعين عن حقوق الإنسان، يُذكر أن "المدافعين عن حقوق الإنسان في نيبال يعملون على جملة قضايا، و كثيرون يعملون في مجال رصد انتهاكات حقوق الإنسان التي ارتكبها طرفا النـزاع و التحقيق فيها. و تتضمن هذه النشاطات مراقبة الأوضاع في السجون، و التحقيق في حوادث القتل و "الاختفاء"، و التحقيق في حالات الاغتصاب التي يتم الإبلاغ عنها، و حالات المضايقة و التعذيب". و يضطلع المدافعون بالعمل العام المتعلق بحقوق الإنسان، بالإضافة إلى التركيز على قضايا مخصوصة بما في ذلك حقوق المثليين من الجنسين و متحولي الجنس، و حقوق النساء، و مناهضة الرقابة و التمييز القائم على أساس الطبقة الاجتماعية. و تأسف الممثلة الخاصة للأمين العام للأمم المتحدة لكون بعض المدافعين قد أُكرهوا على العمل في الخفاء، و أن آخرين غادروا نيبال ليتمكنوا من متابعة عملهم في حقوق الإنسان في أمن نسبي. في أيار 2006، أبطلت الحكومة النيبالية أمراً يرتبط بقانون يحكم المنظمات غير الحكومية، تالياً لتعليقه المبدئي من قبل المحكمة العليا، لأنه كان قد انتُقد من جانب منظمات حقوق الإنسان الوطنية و الدولية.