يتعرض المدافعون عن حقوق الإنسان في هندوراس إلى أفعال المضايقة، التهديدات بالقتل، الهجمات العنيفة، المضايقات القضائية، دعاوى التشهير، إساءة المعاملة، التعذيب و القتل. ثمة نـزوع متـنامٍ إلى توجيه الهجمات ضد المدافعين عن حقوق الإنسان بواسطة شركات الأمن الخاصة التي توظِّف عناصر فيما كان يُسمى "فرق الموت".كانت قوات الأمن متورطة على نحو مباشر و غير مباشر في هجمات عنيفة ضد مدافعين عن حقوق الإنسان. و مرتكبو هذه الانتهاكات ضد مدافعين كُثر عن الحقوق البيئية، و تلك الخاصة بالأرض و السكان الأصليين، هم من ملاكي الأراضي ذوي النفوذ و شركات قطع الأشجار و تصنيع الأخشاب.
لا يزال الناشطون البيئيون، و الناشطون في مجال حقوق المثليين من الجنسين و متحولي الجنس، و المدافعون عن الحقوق الاقتصادية و الاجتماعية و الثقافية، و المحامون، و الصحفيون، و القرويون، و السكان الأصليون، و قادة المجتمع؛ يواجهون المضايقة و الهجمات. إن الناشطين في مجال حقوق المثليين من الجنسين و متحولي الجنس معرضون للخطر على وجه الخصوص، و يواجهون التمييز، لمَّا كان يتم تصويرهم على أنهم خطر على المجتمع، و ذلك من قبل الأوامر الدينية و السياسيين. إن تشويه السمعة و المضايقة اللذين يلحقان بالناشطين في مجال حقوق المثليين من الجنسين و متحولي الجنس هو أمر يدعو إلى القلق، لأنهم يقومون أيضاً بعمل مهم في تدريب و تثقيف المجتمعات المحلية حول فيروس إتش آي في/ الأيدز، بما أن هندوراس هي أكثر دول أميريكا الوسطى تأثراً بهذا المرض.